Fujimori fue declarado culpable de ordenar a un escuadrón de la muerte, conocido como el Grupo Colina, llevar a cabo dos masacres, así como por su participación en los secuestros del periodista Gustavo Gorriti y del empresario Samuel Dyer, ambos en 1992.
Los crímenes de los que se le acusó sucedieron en el marco del conflicto interno de Perú, en el que el gobierno realizó una campaña contra el insurgente grupo armado Sendero Luminoso.
Estos fueron los casos que llevaron por primera vez a un presidente de América Latina a la cárcel por crímenes de lesa humanidad.
La Masacre de Barrios Altos, el 3 de noviembre de 1991, seis hombres enmascarados irrumpieron en una fiesta en un pequeño apartamento del distrito Barrios Altos, una zona de clase baja, aledaña al Palacio Presidencial.
Según el testimonio de uno de los integrantes, el objetivo era capturar a sospechosos de Sendero Luminoso, pero a medida que se acercaba la hora del operativo, se dio cuenta de que el propósito era matarlos.
Los enmascarados dispararon contra los asistentes, matando a 15 personas, incluyendo un niño de 8 años e hiriendo gravemente a cuatro.
Pero la masacre de Barrios Altos fue un error. Mala información de inteligencia hizo que el escuadrón confundiera la fiesta con una reunión secreta del grupo insurgente y matara a civiles inocentes.
La Masacre de La Cantuta, en la madrugada del 18 de julio de 1992, miembros del Servicio de Inteligencia Nacional (SIN) y de la Dirección Nacional contra el Terrorismo (Dincote), la mayoría miembros del Grupo Colina, forzaron su entrada en las residencias estudiantiles de la Universidad Nacional Enrique Guzmán y Valle, conocida como La Cantuta.
El operativo era en respuesta a una explosión en el barrio de Miraflores, reivindicada dos días antes por Sendero Luminoso, que fue uno de los ataques más mortales de una campaña de atentados con bomba de la organización insurgente, que dejó 25 muertos y más de 200 heridos.
Secuestro del periodista Gustavo Gorriti, un periodista que se destacó en los 80 reportando sobre el conflicto entre el gobierno y Sendero Luminoso, reconocido por su conocimiento de dicha organización.
En 1992, publicó una serie de artículos en la revista Caretas, donde vinculó al gobierno con organizaciones narcotraficantes, implicando en particular a Vladimiro Montesinos, el "hombre fuerte" de Fujimori y director del Servicio de Inteligencia del Ejército entre 1990 y 2000.
En reacción a los artículos, el 6 de abril de 1992, una unidad del ejército peruano lo arrestó en su casa y lo llevó a los sótanos del Servicio de Inteligencia.
El secuestro sucedió durante el llamado "fujimorazo" o autogolpe, una crisis constitucional en la que Fujimori disolvió el Congreso y detuvo a varias figuras de la oposición.
Secuestro del empresario Samuel Dyer, el 27 de julio de 1992, Samuel Dyer se encontraba en el Aeropuerto Internacional de Lima, dispuesto a viajar a Estados Unidos.
Sin orden judicial, fue impedido de abordar un avión por personal del SIN y llevado a las oficinas de migración, donde le informaron que tenía una orden de captura.
De ahí fue trasladado violentamente a los calabozos del Servicio de Inteligencia del Ejército (SIE), donde permaneció privado de libertad y fue interrogado sobre su presunta colaboración con Sendero Luminoso.
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